世界総人口の約8割がなんらかの特異体質“個性”を持つ超人社会となった現在、 “無個性”だった緑谷出久（みどりやいずく）は、幼い頃から憧れ続けたヒーロー・オールマイトの“個性”を受け継ぐことに。偉大なヒーローを数多く輩出する超難関・雄英高校ヒーロー科への進学を目指す！
USJ（ウソの災害や事故ルーム）で災害救助訓練授業中の1年A組の前に死柄木弔の率いる敵＜ヴィラン＞連合が現れる。敵の狙いであるオールマイトは不在！多勢の敵＜ヴィラン＞を相手に相澤や13号が奮闘するが……!?
日本のビックイベントの1つとまで言われる雄英体育祭。全国のプロヒーローがスカウト目的で注目するこの場でプロに見込まれれば将来が拓けることになる。USJ襲撃事件で注目が集まる1年ステージ、活躍やいかに!!
オールマイトの恩師・グラントリノから職場体験に指名され、彼の下でワン・フォー・オールを使いこなす訓練に励む出久。一方、飯田は兄・インゲニウムを襲撃し引退に追い込んだ“ヒーロー殺し”ステインを探すため、職場体験を保須市に決めるが……
夏休みの林間合宿参加をかけた期末試験！演習試験では、生徒が2人1組となって雄英教師と戦うことに！1年A組の面々が苦戦を強いられる!!
敵＜ヴィラン＞の動きが活発化していることを重く見た雄英高校は、本来2年生で取得するプロヒーローの仮免に1年生を合格させるため、夏の林間合宿を敢行する。しかし、ここでも敵＜ヴィラン＞連合に襲撃されてしまう……。
林間合宿中に敵＜ヴィラン＞の襲撃を受け、爆豪が誘拐されてしまう。この事件をきっかけに、オールマイトと敵＜ヴィラン＞の黒幕オール・フォー・ワンの直接対決に発展。因縁の対決の末に……。
事件が落ち着き全寮制となった雄英生達に、夏の林間合宿で出来なかった仮免合格のための特訓が開始される。特訓を経て成長した1年A組がプロヒーロー仮免取得試験へ挑む！
仮免試験に合格した生徒たちは、ヒーローインターンを行うことに。出久はヒーロー科3年の通形ミリオの紹介で、かつてオールマイトの相棒＜サイドキック＞だったサー・ナイトアイの事務所へ向かうことに……!!
出久とミリオは、街で遭遇した少女・壊理が指定敵＜ヴィラン>団体“死穢八斎會”の若頭・オーバーホールの恐るべき計画に利用されていたことを知る。壊理を救出するべく、プロヒーローと警察が捜査を進める。
普通科・サポート科・経営科の見せ場となる雄英文化祭が開催される。1年A組もクラス総出で他の学科の生徒に元気を取り戻してもらう出し物の準備を進める。その裏で、一般客入場不可の雄英に侵入する影が……。
オールマイト引退後、No.1ヒーローとなったエンデヴァーはNo.2ヒーロー・ホークスとのチームアップで福岡に足を運ぶ。突如2人の前に高機能な脳無：ハイエンドが現れ交戦することに……。
B組との合同戦闘訓練が実施されることに。ヒーロー科への編入を目指す心操も試験を兼ねて訓練に参加する事となった。「ワン・フォー・オール」の歴代継承者の夢を見た出久にも変化が……
“個性”が「異能」と呼ばれていたころ、異能者の権利のために立ち上がった過激派組織“異能解放軍”が再び結成される。影響力を増大させるため、敵＜ヴィラン＞連合の壊滅を目論む解放軍。敵＜ヴィラン＞同士の全面戦争が始まる
雄英が冬休みの間、インターンを再開することになり、行く当てが無い出久と爆豪は、轟の誘いでエンデヴァー事務所に行くことに。エンデヴァ―が3人全員の面倒を見る事になり、それぞれが課題克服に挑戦する事になる。
ホークスの情報により、脳無の製造者である殻木のいる蛇腔病院と、『超常解放戦線』の定例会議が行われる群訝山荘にヒーロー達が集結し、一斉掃討するべく先手をとって襲撃を仕掛ける。
周囲に迷惑をかけたくない出久は雄英を去り、オールマイトやトップ３とチームアップして自らを囮に死柄木の行方を追っていた。次第にたった一人でボロボロになっていく出久の前に、心配した1年A組のクラスメイトが迎えに来る。
